Das im Kraftwerk angewandte Kühlverfahren basiert auf einem Rückkühlbetrieb mit Naturzugkühlturm.
Der Kühlturm ist mit seiner Höhe von 141,50m, einem Durchmesser an der Basis von 100,00m und an der Mündung von 60,00m weithin sichtbar.
Da man auf den Bau eines Schornsteines verzichtet hat, werden die gereinigten Gase über den Kühlturm abgegeben.
Die Besonderheit weltweit war damals die, das man für sich beim verwendeten Kühlwasser für Ostessewasser entschieden hat, welches nicht entsalzt wird. Zum damaligen Zeitpunkt der Errichtung des Kraftwerkes waren Kühltürme seit mehr als 100 Jahren üblich und auch der Einsatz von Salzwasser nicht neu, allerdings nicht die Kombination von beidem.
Gründe für die Entnahme von Salzwasser aus der Ostsee waren:
Der Hafen als mögliche Wasserentnahme zur Verwendung im Kraftwerk fiel auf Grund der Wasserqualität aus. Das sogenannte Brackwasser hätte bei der Rückführung in das Hafenbecken durch die höhere Wassertemperatur langfristig zu einer Erwärmung des Wassers führen können und es wäre eventuell zu einer dauerhaften Veränderung der Mikrobiologie gekommen. Andere Entnahmestellen aus der Warnow waren nicht möglich. So entschied man sich für eine Kühlwasserentnahme aus der Ostsee. Damit mussten mehrere Fragen zur Leitungsführung und vor allem zu der Problematik des Salzgehaltes geklärt werden.
Für die Wasserentnahme errichtete man einen Tunnelvortrieb, der ca. 350m in die Ostsee getrieben wurde. Die Entnahmeleitung endet dort und die dünnere Abgabeleitung die als Inliner ausgeführt ist, läuft noch ca. 200m weiter in die Ostsee hinein.
An Land wurde in Markgrafenheide ein sogenanntes Einlaufbauwerk gebaut, mit Rechen und Sieben zur mechanischen Reinigung des Ostseewassers. Eine Entsalzung des Wassers erfolgt nicht. Durch die geringere Menge der Wasserrückführung in die Ostsee kommt es zwar zu einer leichten Erhöhung des Salzgehaltes, was aber nachweislich unproblematisch ist. Die Kühlwasserleitung mit ihrer Gesamtlänge von 7,5km ist zweisträngig ausgelegt. Die Entnahmeleitung zum Kraftwerk hat einen Durchmesser von 800mm. Da bei vollem Kraftwerksbetrieb über den Kühlturm bis zu 700m³ Wasser/h verdunsten, hat die Abgabeleitung nur einen Durchmesser von 600mm. Insgesamt zirkulieren ca. 50.000m³ Kühlwasser im Kraftwerk. Insgesamt war dieses Bauvorhaben höchst anspruchsvoll, da viele Gutachten eingeholt werden mussten um den Nachweis zu erbringen, dass Flora und Fauna nicht nachwirkend gestört werden.
Die Qualität der gesamten im Kraftwerk eingesetzten Wässer unterliegen strenger Kontrollen durch das kraftwerkseigene Labor. Alle Einzelheiten sind in der wasserrechtlichen Erlaubnis durch die zuständige Behörde festgeschrieben und genehmigt.
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